1990'lı yıllar Türkiye ve Yunanistan için düşmanlık ve dostluğun en çok tartışıldığı dönem oldu. Ege Denizi'nde yaşanan anlaşmazlıklar, Batı Trakya Türkleri ile ilgili gelişmeler, Fener Rum Patrikhanesi'nin ekümen olma çabaları ve kronikleşen Kıbrıs Sorunu bu dönemde iki ülke arasında sık sık gündeme geldi. Yunanistan, Türkiye'ye karşı gizliden teröre destek vererek silahlanmaya devam etti. Batı ile ilişkilerini sürdürürken bir yandan da Rusya'dan S-300 füze savunma sistemi satın aldı. İki ülke arasında kri